Com o final de Guerras Secretas, muitos heróis de outros mundos acabaram exilados no Universo Primordial. Esse aparenta ser o caso de Miguel O'Hara, mas Peter David nos roteiros e Will Sliney na arte mostram que o destino do Universo 2099 é um tanto mais complicado.
Oito meses se passaram desde o final de Guerras Secretas e Miguel O'Hara continua no presente, trabalhando como Chefe de Pesquisa e Desenvolvimento das Indústrias Parker. Com a quantidade de heróis aracnídeos na cidade, ele decidiu se aposentar do super-heroísmo, apesar de Peter ter incorporado novas tecnologias em seu traje. Um de seus projetos secretos envolve um portal para uma 2099 pós-apocalíptica que Miguel tem certeza de ser capaz de consertar mudando o presente. E, quando ele descobre que sua namorada Tormenta está grávida, os dois sofrem um atentado terrorista.
Miguel passa dias em coma apenas para acordar e descobrir que Tormenta havia falecido no atentado. Obcecado em descobrir a verdade sobre os responsáveis pela morte de sua amada, Miguel segue uma pista que leva a Doutor Cronos. Um (nunca antes citado) ex-professor de robótica de Victor Von Doom. Com sede de vingança, Miguel pega o novo traje, agora vermelho-preto-branco, e vai ao encalço de Doutor Cronos. Eles lutam e o Aranha descobre que os responsáveis pelo atentado é um grupo chamado "O Punho", mas Cronos é morto antes de poder dizer mais.
Nisso, um novo vilão é recrutado do futuro distorcido de 2099, Kweeg, que nada mais é que uma versão distorcida do Risco 2099. Ele é enviado para o presente, onde causa um tumulto na Times Square e é combatido pelo Aranha 2099 e sua surpreendente parceira, Roberta Mendez, sua secretária que se revela a Capitã América 2099 (do tie-in de Guerras Secretas 2099). Os dois derrotam Kweeg, mas ele é resgatado pelo Punho.
Miguel passa dias em coma apenas para acordar e descobrir que Tormenta havia falecido no atentado. Obcecado em descobrir a verdade sobre os responsáveis pela morte de sua amada, Miguel segue uma pista que leva a Doutor Cronos. Um (nunca antes citado) ex-professor de robótica de Victor Von Doom. Com sede de vingança, Miguel pega o novo traje, agora vermelho-preto-branco, e vai ao encalço de Doutor Cronos. Eles lutam e o Aranha descobre que os responsáveis pelo atentado é um grupo chamado "O Punho", mas Cronos é morto antes de poder dizer mais.
Logo após, a equipe de Miguel nas Indústrias Parker está analisando uma névoa terrígena que, em um acidente, é liberada e afeta uma das cientistas, Rhonda Fleming. Ela se transmuta se tornando a Inumana que se autointitulou Gloriana. Crendo ser uma deusa, Gloriana invade uma igreja em busca de fieis, mas Miguel tenta detê-la antes que ela machuque antes. O inevitável acontece e quem sofre a pior é a namorada de Rhonda, Jasmine. Isso faz com que Gloriana suma com remorso enquanto Miguel salva a colega de trabalho.
Assim, terminam os primeiros arcos da nova fase do Aranha 2009. Uma continuação praticamente direta do Volume anterior de Homem-Aranha 2099 e de Guerras Secretas 2099. O roteiro e a arte mantém sempre um mesmo padrão, tendo como demérito o fato de terem aberto perguntas demais e não responderem a nenhuma delas até o momento.
